Gli Atenei Pontifici  — attualmente 24 — si possono aggruppare, a seconda delle proprie caratteristiche, in cinque gruppi:

 

Università Pontificie

Le Università Pontificie devono avere come minimo quattro facoltà, tre delle quali devono essere Teologia, Filosofia e Diritto Canonico. A Roma esistono sette Università Pontificie:

 

Atenei Pontifici
Gli Atenei Pontifici hanno anch’essi quattro facoltà, ma non devono essere necessariamente Teologia, Filosofia e Diritto Canonico. Attualmente essi sono:

 

Pontifici Istituti e Pontificie Facoltà
Nei Pontifici Istituti e nelle Pontificie Facoltà vengono studiate sistematicamente alcune discipline. Al momento a Roma esistono:

 

Pontifici Istituti Incorporati
Esistono, inoltre, istituti a cui si denomina incorporati dato che, pur avendo un legame stretto con determinati Atenei Pontifici, mantengono la loro autonomia. Essi sono: